UV Spectrophotometric Analysis of DNA and RNA

The concentration of an RNA or DNA sample can be checked by the use of UV spectrophotometry. Both RNA and DNA absorb UV light very efficiently making it possible to detect and quantify either at concentrations as low as 2.5 ng/µl. The nitrogenous bases in nucleotides have an absorption maximum at about 260 nm. Using a 1-cm light path, the extinction coefficient for nucleotides at this wavelength is 20. Based on this extinction coefficient, the absorbance at 260 nm in a 1-cm quartz cuvette of a 50µg/ml solution of double stranded DNA or a 40µg/ml solution of single stranded RNA is equal to 1. You can calculate the concentration of the DNA or RNA in your sample as follows:

DNA concentration (µg/ml) = (OD 260) x (dilution factor) x (50 µg DNA/ml)/(1 OD260 unit)

RNA concentration (µg/ml) = (OD 260) x (dilution factor) x (40 µg RNA/ml)/(1 OD260 unit)

In contrast to nucleic acids, proteins have a UV absorption maximum of 280 nm, due mostly to the tryptophan residues. The absorbance of a DNA sample at 280 nm gives an estimate of the protein contamination of the sample. The ratio of the absorbance at 260 nm/ absorbance at 280 nm is a measure of the purity of a DNA sample; it should be between 1.65 and 1.85.

Phenol has an absorbance maximum of 270 but the absorbance spectrum overlaps considerably with that of nucleic acids. If there is phenol contamination in your DNA sample, the absorbance at 260 nm will be high, giving a false measure of DNA concentration. These procedures are specific to the Beckman DU 640B spectrophotometer.

Procedure for using the to measure OD260 and OD280

1. Turn the machine on using the switch in the back of the machine (lower right-hand side as you face the machine, turn on the monitor screen and printer. Wait for the machine to go through its start up routine.
2. Open the lid on the top of the machine. Choose the small cuvette holder and place it in the holder in front of the light source. The word FRONT should be toward the front of the machine.
3. Click on the UV light key to turn the UV on. It takes about a minute for the UV lamp to warm up. Quit the diagnostic screen by clicking on the word QUIT in the upper right hand corner. The Main Menu will appear Choose Nucleic Acid from the menu. When the nucleic acids analysis menu appears, make sure that the measured absorbances are 260 and 280. Do not use the calculation functions.
4. Use lens paper to clean the surfaces of the cuvette. Rinse the cuvette chamber with 70% ETOH. Be sure to remove all of the ETOH after the wash. Place 100µl sample of your blank (nH2O, TE, whatever your DNA or RNA sample is dissolved in) in the cuvette chamber. Place the cuvette in the holder and place the lid on the holder.
5. Shut the lid of the machine.
6. Click READ BLANK in the bottom left corner of the screen.
7. Prepare a 1:100 dilution of the sample you want to read.
8. After the machine has read the blank, remove the cuvette, remove the blanking solution from the chamber, rinse and dry the chamber and place your diluted sample in it.
9. Click on READ SAMPLES in the upper left hand of the screen.
10. After the machine has read your sample, the data will appear on the screen. You do not need to print this each time you measure a sample. A machine will collect data for you.
11. Between samples clean the cuvette as described above. You do not need to blank each time unless your samples are dissolved in different solutions. If you use a different cuvette, you must run a blank.
12. When you are finished reading samples, remove and clean the cuvette and put it away. Print your results by clicking on PRINT at the top right of the screen. QUIT the data screen. This will take you back to the main menu. Turn off the UV. You can turn off the machine while the Main Menu screen is active. Turn off the machine the monitor and the printer.
13. Calculate the concentration of your RNA or DNA sample and the OD260/OD280

new...........

it over.. arini sume nyer berakhir.. yah... kehidupan lalu biar lalu... yg di depan kite tuju.... hehehe...nothing imposible...

think back.

hi... dah 2 tahun 12 hari berlalu...
Alhamdulillah segalanya dah cerah kembali... aku dah dpt adpt segala yang berlaku on me... sedih?.. hahaha... mmg sedih... tp bnyak g benda yg perlu dilakukan... hehe... hidup just like a ball... we r rolling all over the time... but remember dont ever trust people 100% if u want to achieve my bro... hahaa.. my some time people will say that im rude... x ingt org... but honestly i never forget evry single tme that happen in my life dude...
kuatkan ati n tabahkan diri.. nothing imposible n never give up... that is the word that i awayz hold all over the time... jgn jadi org yang lemah kerana lemah akan membuatkan kita jd lbih lemah.... kuatka dr... chiok!!!!.
gud luck n never give up... 4 u.. hpe ull be happy... it's been a rough time 4 me but i can across it.. thanks for making me more vulnerable.

cerita ini mugkin dapat memberi kesedaran kepada kita semua....
arap daripada coretan tuan empunya cerita mari sama2 kita renungkan bersama... mungkin ia akan membuat kita tersentuh,terpaku,terkejut, terharu dan sebagainya.. hayatilah....

Assalamualaikum wr wb
Sebak dada bila membaca email ni....but its good ...
Semoga kita insaf dan menjadi pelajaran. InsyaAllah...

Hari berganti hari.Keadaanku semakin tenat.Tubuhku terkaku seperti mayat di atas katil di salah sebuah hospital yang aku sendiri tidak tahu mengapa aku di tempatkan di sini.Sebelum tu, yang aku ingat aku sedang memandu kereta ayah,lalu bertembung dengan lori balak.

Tapi selepas itu aku tidak ingat apa-apa.Pandanganku kabur.Tidak dapat ku pastikan siapa orang-orang yang berada di sekelilingku.Aku terasa dada ku teramat berat dan bahagian pinggangku sudah tidak berasa apa-apa lagi.Derita sngguh.nafasku sesak.

Tiba-tiba tanganku di pegang kuat."Mengucap sayang,,mengucap........Asyhaduallailahaillallah........."ucapan
itu dibisikkan ke telingaku di sertai dengan tangisan.Itu suara ibu.manusia yang pernah mendodoikan daku semasa kecil,manusia yang pernah menyuapkan nasi ke dalam mulutku,manusia yang pernah memberi susunya serta yang pernah merotanku kerana degil.

"Bagaimana dengan keadaannya doktor?"Aku amati suara itu.Pasti itu suara abang.Mungkin abang baru sampai. "Tenat",jawab doktor dengan ringkas. "Itu kata doktor bang,jangan berserah kepada takdir sahaja.Kita perlu usaha". Sudah seminggu aku terlantar di wad ini,kenapa baru sekarang abang menjengah? datang lah ke sini,aku ingin berbicara denganmu. datanglah..... Tapi mataku.......semakin gelap.Adakah aku sudah buta? Tidak!!!!Aku tidak mahu buta.Aku masih ingin melihat dunia ini. "Sabarlah dik,banyak-banyak ingatkan Allah."Abangkah yang bersuaraitu? Apa yang aku tanggung ini tidak semudah yang kaulafazkan,abang.Tolonglah adikmu ini.Tolong bukakan mataku.

"Tekanan darahnya amat rendah". sayup sayap kedengaran
suara doktor.Kedengaran juga ibu menangis teresak-esak.Ibu,kau hanya mampu menangis saja.dan bila tiba saatnya,kita akan berpisah.Tapi,ibu.....aku tidak mahu berpisah denganmu.Tolonglah ibu,selamatkan lah daku. "Yassin......".bacaan yassin terngiyang-ngiyang di telingaku.Aku tahu itu suara abang.Tetapi kenapa aku di perdengarkan dengan suara itu???

Apakah aku sudah menghampiri maut???????Aku takut!!!!!!! Sedetik lagi sakaratul maut datang.Sedetik lagi izrail datang. Sedetik lagi malaikat maut datang.Aku di ambang sakaratul maut...... Aku semakin tegang dan semakin sendat nafas di dada.Ketika itu,aku tidak ingat apa-apa lagi.Aku tidak kenal sesiapa di sekelilingku.Tapi yang pastinya sekarang, aku berdepan dengan sakaratul maut.

"Tolong ibu,tolonglah aku,
aku takut".Tapi rintihan ku tidak di pedulikan.Apa mereka
semua sudah pekak? Aku di lambung resah,gelisah dan penuh kesah.Keluhan dan rintihan "Panas,dahaga,haus,panas........".tapi tiada siapa pun yang peduli.Nenekku datang,"Nenek...........". "Kau dahaga cu,kau lapar cu,mahu air??Ini gelas penuh air madu,kalau cucu mahu masuk syurga,minum air ini".

"Ibu......".
Ibuku datang, Ibu menggoyangkan buah susunya.
" Ini ibumu.Air susu ini membesarkanmu, nak.Buangkan
islam, matilah dalam agama yahudi.....".
Ayah.......kau datang ayah.......".
"Matilah dalam agama yahudi anakku.matilah dalam agama nasrani Itulah agama yang membantu kau masuk ke syurga". "Nenek....ibu.....ayah......suara kau kah tadi??Kenapa kau berubahlaku??Atau suara syaitan yang ingin memurtadkan aku?? "Mengucap sayang,mengucap.Asyhaduallailahaillallah......".Ucapan
itu diajukan sekali lagi ke telingaku.Itu suara ibu.Tapi lidahku sudah menjadi kelu.

Manusia-manusia berjubah hitam datang."Mari ikut kami". manusia-manusia berjubah hijau datang membawa bersamanya payung hijau,katanya"Mari ikut kami".cahaya putih datang.datang hitam. Datang sinaran kuning.Cahaya merah datang ."Apa ini,apa ini?.Akulah sakaratul maut.......!!!!!!". Kedinginan menjalar,merayap perlahan-lahan dari hujung kaki ke hujung rambut dan kini seluruh jasadku di selimuti sejuk.dan kemudian datanglah malaikat maut di hujung kepalaku. "Hai jiwa yang keji,keluarlah dari kemurkaan Allah.......".Aku tersentak.Roh ku berselerak di dalam tubuhku.Lalu,innalillahi wainnailaihi rajiuun.... Malaikat-malaikat yang menunggu sesayup mata memandang dan menghemburlah bangkai yang sebusuk-busuknya.

Tiba-tiba bau busuk menusuk ke hidungku,seperti bau sampah
yang amat busuk. "Apa yang busuk ni?Tak adakah orang yang mengangkat sampah ni?Ah,busuknya,hanyirnya,hancingnya......".

"Assalamualaikum......".
"Siapa yang memberi salam itu?".
"Aku".
"Kau siapa wahai pemuda???".
Seorang lelaki tercegat di hadapan katilku.Aku tidak
pernah melihat orang yang sehodoh,sekotor,dan sebusuknya di dunia ini.rambutnya yang tidak terurus,baju yang di pakai berlumut hijau,kuning,coklat dan entah apa-apa warna lagi,dari lubang hidung,telinganya dan mulutnya terdapat nanah dan darah pekat keluar.Tanpa di pedulikannya......jijik,loya,aku rasa........teramat loya melihatnya.

"Kau tak kenal aku?".
"Tidak,jawabku tegas.Mana mungkin aku kenal kau sehodoh
dan sejijik ini".
"Aku sahabatmu,kau yang membuat aku hari-hari".
"Bohong!".Aku menjerit sekuat hati.Biar semua penghuni wad
ini mendengarnya.
"Aku tak kenal engkau!Lebih baik kau pergi dari sini".
"Akulah amalanmu yang keji..........".

Aku terdiam.Aku tidak mampu berkata apa-apa teringat kini,semuanya telah pernah ku dengar dan ku pelajari dulu.Segala dosa dan keburukan yang kita lakukan di dunia,akan di jelmakan dalam sebagai suatu makhluk yang teramat hodoh di hadapan kita di alam barzakh nanti. Oh!Tuhan,aku banyak dosa.Aku memang lalai,cuai dan lupa dengan segala nikmat yang telah kau kurniakan.Solatku kerana kawan,dan bukannya ikhlas kerana Allah.Pergaulanku bebas,tak kenal muhrim ataupun tidak.tapi itu semua telah berlalu dan dan sudah terlambat untuk bertaubat.Apa yang aku harus lakukan!!!!! Surah yassin yang abang pegang di letakkan di atas dahiku.Aku melihat kaklong dan kak ngah menangis.Aku juga lihat mata abah bengkak. Tiba-tiba badanku di sirami air.Air apa ini?????

"Tolong....sejuk!!!!Kenapa air ini berbau air kapur barus.Tolong jangan tekan perutku dengan kuat,sakit!!!!Kenapa ramai orang melihat aku???Aku malu.....malu.....malu......!!!!!!".
Aku di usung ke suatu ruang.Aku lihat kain putih dibentangkan.Lalu diletakkannya aku di atas kain putih itu.kapas di bubuh di celah-celah badanku.Lalu aku di bungkus satu demi satu dengan kain itu. "Nanti,tunggu!!jangan bungkus aku.Kenapa kalian semua buat aku macam ini?Tolong rimas....panas........". Kemudian aku di letakkan di suatu sudut.Beberapa orang termasuk tok imam menyembahyangkanku.Kelihatan ayah dan abang berada di saf yang pertama.Tapi kenapa aku di sembahyangkan?

Bukan kah aku boleh sembahyang sendiri?
Aku teringat kata-kata ustazku dahulu.
"Sembahyanglah kamu sebelum kamu disembahyangkan".Dan kini
baru aku sedar aku sudah tidak mampu lagi untuk mengangkat takbir,ruku',sujud dan tahiyyat. Aku di angkat perlahan-lahan kemudian di letakkan di dalam kotak kayu.

Kotak apa ini?"Aku di usung oleh enam orang termasuk ayah
dan abang.Aku diusung setapak demi setapak". "Al-Fatihah!"Keengaran suara tok imam.Kelihatan ibu,kak long,kak ngah dan lain-lain mengekori di belakang.tapi kemana dia bawanya aku?". Nun jauh di sana,kelihatan tanah perkuburan kampungku. "Ke situkah aku dibawanya?Tolong turunkan aku,aku takut!!!!!!". Setibanya di tanah perkuburan,kelihatan satu liang yang besaiz dengan jasadku.Beberapa tangan memegangku,dan aku di turunkan ke dalam liang itu. "Perlahan-lahan",aku terdengar suara tok imam memberitahu."Tolong keluarkan aku dari sini!Aku seram!!!".Kini aku berada di dalam liang kedalam enam kaki.Sedikit demi sedikit pasir dan tanah menutupiku.

"Tanah apa ini?".
"Aduh sakitnya badanku di timbusi tanah".
"Innalillahiwa innailaihi rajiuuun.......Dari Allah kita datang,dan kepada Allah jualah kita kembali". Kedengaran bacaan talkin dari tok imam."Sesungguhnya mati itu benar alam barzakh itu benar,siratul mustaqim itu benar,syurga dan neraka itu jua benar........".Sayup sayap aku terdengar tok imam terus membaca talkin,tetapi makin lama makin hilang.Pandanganku makin ,makin kabur dan terus tidak kelihatan.Tubuhku terasa telah di timbusi sedikit demi sedikit pasir dan tanah yang di lemparkan ke atasku.Terasa semakin gelap dan ......aku kini keseorangan.

"Nanti!Nanti!Tolong!Tolong ayah,ibu!Jangan tinggalkan aku seorang.Aku takut!!!Gelap!!!Panas!!!Tolong !!!! THIS IS A GOOD STORY BUT THE AUTHOR LEFT OUT ONE MOST IMPORTANT THING IN DEATH..... "SAKITNYA SAKRATUL MAUT ITU ADALAH UMPAMA SERIBU PEDANG YANG AMAT TAJAM MENGHIRIS DAGING DAN TULANG SERENTAK...DAN SAKITNYA HINGGA KE AKHIRAT."

untuk orng yg pth semangat

“Prepare for the best, plan for the worst and expect to be surprised.”
Terkadang kita sering putus asa dan nggak yakin akan diri sendiri.
Calm down. Inget kata-kata ini, kalo kita sedang bersiap menerima keberhasilan dan berencana untuk kegagalan kita dan berusaha untuk memperbaikinya dan lebih maju lagi!!
“I cannot fail”
Dalam melakukan sesuatu kita kita harus yakin kita akan berhasil.
Kalo kita yakin 100% akan berhasil, maka kita pasti akan berhasil.
“If i never try, I’ll never know.”
Jangan takut bila kamu dihadapkan pada suatu kesempatan dan kamu bingung untuk mencobanya atau tidak.
Walau pun hasil dari mencoba ternyata mengecewakan,, nga usah sedih. at least kamu punya pengalaman baru dan pelajaran yang akan membuat kamu lebih dewasa.
“Today is not a good day to give up”
Berpikirlah positif bahwa hari ini bukanlah hari untuk menyerah
Karena menurut orang yang sudah sukses, jalan menuju ke sana memang bikin orang pengen nyerah.
“If you do not hope, you will not find what is beyond your hopes.”
Orang-orang sukses di dunia ini, awal dari kesukesaannya dimulai dari bermimpi.
Dari mimpinya mereka berusaha untuk mewujudkannya, hingga mereka berhasil mencapai mimpinya.
“Life is either a daring adventure or nothing.”
Hidup adalah petualangan yang membutuhkan keberanian, bila tidak itu bukanlah hidup.
“Every artist was first an amateur.”
Untuk menjadi yang hebat pasti dimulai dari awal.
Jadi wajar ajah kalo kita emang musti banyak belajar dan sabar untuk maju.